כיצד יש לגנוז ספרי קודש שבלו ונקרעו

במתניתין, וכתבי הקודש יגנזו. כתב הרמב"ם (יסודי התורה פ"ו ה"ח), כתבי הקודש כולן ופירושיהן וביאוריהן אסור לשורפם או לאבדם ביד, והמאבדן ביד מכין אותו מכות מרדות וכו', וכן כתבי הקודש שבלו יגנזו. ובהלכות ספר תורה (פ"י ה"ג) כתב, ספר תורה שבלה או נפסל נותנים אותו בכלי חרש, וקוברים אותו אצל תלמידי חכמים. וכן פסק בשו"ע (או"ח סי' קנד ס"ה). וכתב בשו"ת באר שבע (סי' מג), שאף שלא ביאר הרמב"ם כיצד יש לגנוז ספרי קודש שבלו, יש ללמוד סתום מן המפורש ממה שכתב בהלכות ספר תורה, וגם כתבי הקודש כך הוא סדר גניזתם, והוכיח כן מכמה סוגיות בש"ס עיי"ש.
וכתב במסקנת דבריו שעל כן אתה הראת לדעת שראוי ונכון לנהוג קדושה גדולה במשנה וגמרא ופירושיהן, שיש בהן סרך קדושת ספר תורה, ואם בלו או נמחקו אל ישים חילוק ביניהם ויהא זהיר וזריז לגנוז אותם בתיבה מסוגרת ולעשות להם תקנה במה שאפשר לקיימם, וכל שכן שלא יהיו נזרקין חלילה במקום הטנופת, ואז יהיה שכרו גדול מאד, כדתנן (אבות פ"ד מ"ו) כל המכבד את התורה גופו מכובד על הבריות. וכן פסקו בשמו המגן אברהם (שם סק"ט) והאליה רבה (סק"ה).
וכתב הפרי מגדים (א"א סק"ט) הו"ד במשנ"ב (שם ס"ק כב), שלא ראה שנוהגים כן לענין שאר ספרים, ואולי כן הדין רק לענין ספרי נביאים וכתובים שכתובים בדיו על עור ובגלילה.
ובכף החיים (שם ס"ק לז) כתב בשם שו"ת זרע אברהם (ח"ב סי' קלג), שחולק על הבאר שבע, ודעתו שרק ספר תורה צריך לקוברו בכלי חרס, אבל דפים בלויים שנקרעו מספרי קודש, אין צריך לקוברם בכלי חרס, אך מכל מקום צריך לגונזם ואסור לשורפם. ואסור לקוברם מפוזרים, אלא יש לקוברם בתוך שקים ותיבות [ומבואר בדבריו שלדעת הבאר שבע יש לקוברם דווקא בכלי חרס, אך הבאר שבע כתב בסיום דבריו 'ויהיה זריז וזהיר לגנוז אותם בתיבה מסוגרת, ולעשות להם תקנה במה שאפשר לקיימם, וכל שכן שלא יהיו נזרקין חלילה במקומות המטונפים']. וראה עוד בכף החיים שם שהביא הרבה פרטי דינים בזה.