רמז לפטירת רש"י באמצע כתיבת פירושו לבבא בתרא ומכות ולבעל 'מסורת הש"ס' שחזר על הש"ס מ"ב פעמים
וַיִּקָּדֵשׁ בָּם (כ, יג).
כתב מרן החיד"א: רש"י הן בעודנו עוסק בש"ס ב'תרא (=מסכת בבא בתרא; ראה שם דף כט, א בהאי לישנא: בזה הלשון: עד כאן פירוש רש"י זצ"ל, מכאן ואילך פירוש רבינו שמואל ב"ר מאיר) מ'כות (ראה מסכת מכות יט, ב דנכתב בזה הלשון: רבינו [-רש"י הקדוש], גופו טהור, ויצאה נשמתו בטהרה [=שסיים דבריו בתיבות של טהרה: הא רחץ טהור, דטבל ועלה אוכל במעשר] לא פירש יותר. מכאן ואילך לשון תלמידו רבי יהודה בר' נתן). נתבקש בישיבה של מעלה. וסימנך 'ויקדש ב"ם'.
עוד כתב החיד"א על בעל מסורת הש"ס: מהר"ר יוסף שמואל מקראקא אב"ד בק"ק פרנקפורט הוא הגאון אשר הפליא לעשות בהגהותיו לתלמוד, ורש"י ותוספות והרא"ש והרבה לזכות הרבים להציב ציונים ומורה מקום בש"ס והרמב"ם בכל התלמוד, עשר ידות ממה שהיה קודם, בדפוס אמשטרדם שנת או"ת לטובה.
ושמעתי ששנה משנתו כל הש"ס מ"ב פעמים וחקר וחקק וזיקק הש"ס וקיים ודברת ב"ם ויקדש ב"ם. וצוה לבנו חתן הרב כוס הישועות להדפיס התלמוד ע"פ הגהותיו והדפיס קצתו באמשטרדם וכלו בפרנקפורט. ושמעתי נפלאות על הרב הנזכר שלמד כ"ה שנה תורה מעומד ולמד תורה לשמה והיו דבריו נשמעים בשמים כאחד מהראשונים זכותו יגן עלינו.
